Le ambizioni del progetto e il coinvolgimento di un gran numero di attori da tutta Europa hanno promosso un modello di governance volto a garantire la massima efficienza ed efficacia, ma anche volto ad assicurare la trasparenza e l'indipendenza del gruppo.
La struttura include un Comitato Scientifico stabilito dall'Università e un Team di Management. Inoltre, gli organismi competenti dell'UCSC effettueranno una revisione sistematica delle attività.
Il Comitato Scientifico (SciCo) rappresenta un gruppo di esperti di alto livello, che sono responsabili di fornire una direzione strategica generale. Il ruolo del SciCo è di fissare orientamenti, obbiettivi e risorse di stanziamento.
Gli Expert Working Groups (EWG) si definiscono progetto per progetto ed esamineranno lo stato dell'arte delle ultime ricerche e sviluppi, e delle proposte di vie nuove e innovative per migliorare le politiche future di efficienza agricola in Europa. I membri degli EWG sono tecnici esperti riconosciuti in Italia e nel mondo, responsabili politici e professionisti dell'industria e delle ONG nel campo dell'agricoltura, della sanità pubblica, dell'economia e della politica. Useranno la loro conoscenza individuale ed esperienza per fornire competenze tecniche e orientamenti strategici per sviluppare questa importante componente dell'attività di OPERA. Inoltre, su richiesta degli EWG, possono essere invitati altri esperti a fornire testimonianze specialistiche e a discutere questioni specifiche.